Aquesta infraestructura s'ha portat a terme a les antigues Casotes. Aquest edifici va ser construït la segona meitat del segle XIX, per la Reial Companyia de Canalització i Recs de l’Ebre, com a Duana del que volia ser una via navegable des del riu Ebre fins al mar. Forma part d’un complex més ampli que inclou altres elements patrimonials destacats com el canal marítim, moll i dàrsena, encluses, casetes dels guardes, etc. La impossibilitat de fer el canal navegable va suposar que aquestes instal·lacions no s’utilitzessin i els edificis van estar sense ús i inalterats durant molts anys, fins que l’Ajuntament de Sant Carles de la Ràpita va comprar la instal·lació. Són edificis que formen part de l’arquitectura industrial del segle XIX i són d’estil neoclàssic.
D'aquesta manera, i després de molts anys de projectes i esforços, les Casotes tornen a obrir les portes, però ara com a equipament cultural.
El museu mostra dos eixos d'interès: La mar de l'Ebre, com a font de vida de diverses espècies animals, amb la presentació de la valuosa col·lecció de Joan Brunet, veí de la Ràpita que va dedicar la seua vida a la malacologia, i per un altre costat ens presenta un recorregut històric pel món de la pesca.
Un interessant equipament museístic, de visita obligada, per entendre millor la realitat de Sant Carles de la Ràpita.
